Tras licenciarse en Biología, João Pedro Rodrigues asistió a la Escola Superior de Teatro e Cinema entre 1985 y 1989. Trabajó en cuatro películas como asistente de dirección y montaje entre 1989 y 1996. Con ¡Felicidades!, de 1997, participó en el Festival de Venecia de ese mismo año y recibió una mención especial del jurado. Le siguieron O Fantasma (2000), Odete (2005), Morrer como um homem (2009), O ornitólogo (2016), entre otras destacadas.